Jest jednym z piękniejszych obiektów architektury sakralnej w Krakowie i obok katedry wawelskiej, kościoła Mariackiego oraz kościoła na Salwatorze jest  najczęściej odwiedzanym przez turystów, także z zagranicy. W jego podziemiach realizowany jest od kilku lat projekt Panteonu Narodowego czyli miejsca pochówku najwybitniejszych twórców narodowej kultury, sztuki i nauki, każdego kto godzien jest miana Wielkiego Polaka, niezależnie od poglądów i przekonań.

Bazylika królewska (basilica regalis), czyli kościół św. Piotra i Pawła, dzięki swej imponującej architekturze i olbrzymiej kopule, zajmuje w panoramie Krakowa, obok katedry Wawelskiej i kościoła Mariackiego, bardzo znaczące miejsce. Usytuowana w centrum Krakowa przy ul. Grodzkiej, przy drodze królewskiej, fascynuje przepięknym wirydarzem z 12 figurami apostołów na jego obrzeżu, zapraszając do wnętrza kościoła, który codziennie stoi otworem dla wiernych, pielgrzymów i turystów.
Wchodząc do wnętrza świątyni uderza nas przede wszystkim duża sakralna przestrzeń wczesnobarokowej architektury. Wysokie białe kolumny, ściany i sklepienia ozdobione kunsztowną sztukaterią, bez złoceń, robią ogromne i niezwykłe wrażenie na widzu, nastrajając do skupienia, refleksji i modlitwy. Ogromna większość pielgrzymów udaje się do krypty księdza Piotra Skargi, gdzie modli się w różnych intencjach, o czym świadczą pozostawione liczne kartki z modlitewnymi prośbami i podziękowaniami. Młodzież ma zwyczaj pozostawiania przy tym sarkofagu swoich tarcz szkolnych po ukończeniu nauki, co ma być wyrazem wdzięczności za otrzymane łaski wypraszane dla niej przez ks. Piotra Skargę. Bardzo często odmawiana jest indywidualnie lub zbiorowo słynna i lubiana modlitwa za Ojczyznę, ułożona przez wielkiego Polaka: Boże, Rządco i Panie Narodów....

Nad zabytkową chrzcielnicą (1528 r.) wisi niepozorny obraz Matki Bożej z II połowy XV wieku, który w kościele Wszystkich Świętych uchodził za obraz cudowny, ponieważ wypraszano przed nim cudowne uzdrowienia. Jest wiele innych przedmiotów kultu, które są godne uwagi i opisu, ale ich odkrycie zależy od zainteresowania i wrażliwości zwiedzających.
Poza tym trzeba pamiętać, że kościół ten nie jest wyłącznie ważnym i pięknym obiektem zabytkowym, ponieważ był i jest miejscem Bożego kultu. Od roku 1824 stanowi własność wczesnośredniowiecznej parafii Wszystkich Świętych, której kościół parafialny decyzją władz miejskich został zburzony w roku 1838. Dziś nie jest to już tak rozległa pod względem terytorialnym Parafia, jak w XIII wieku, kiedy obejmowała całą południową część Krakowa. Od roku 1490 do czasów zaboru austriackiego była kolegiatą i prowadziła szkołę kolegiacką. Mimo, że centrum Krakowa bardzo się wyludniło i wciąż się wyludnia, Parafia Wszystkich Świętych po dawnemu żyje, modli się i pracuje, o obecny kościół, który z dnia na dzień, dzięki pracom konserwatorskim pięknieje , służy w pierwszym rzędzie duszpasterstwu parafialnemu.

Początki kościoła parafialnego pw. Wszystkich Świętych, sięgają roku 1227. Był on budowlą romańską, co potwierdzają znaleziska romańskich płytek posadzkowych. Świątynia należała do najstarszych budowli przedkolacyjnych w obrębie dawnego Krakowa. Wznosiła się w pobliżu obecnego kościoła Franciszkanów. Pierwsza wzmianka o jej proboszczu Arnoldzie pochodzi z 1278 r. na początku XIV w. podczas pożaru uległa uszkodzeniu. Przekaz z 1386 r. wspomina erekcję ołtarza św. Antoniego i św. Leonarda, a także wiadomość o rzekomej fundacji kościoła pw. Wszystkich Świętych przez rycerza Jakuba Bobolę. W 1490 r. świątynię przeniesiono do rangi kolegiaty. Na podstawie zachowanych planów i opisów można przyjąć, że kościół był na przełomie XIV / XV w. budowlą gotycką, składającą się z dwunawowej hali wspartej na dwóch filarach, założonej na rzucie zbliżonym do kwadratu oraz wyższego dwuprzęsłowego prezbiterium, które było zamknięte wieloboczną absydą. Nawę opinały skarpy umieszczone wzdłuż ścian oraz w narożnikach. Między nimi znajdowały się ostrołukowe okna. Fasada była podzielona skarpami na trzy pola, pomiędzy którymi zaprojektowano okna i portal wejściowy. Wieńczył ją trójkątny szczyt.
W 1591 r., od strony południowej do prezbiterium dobudowano wieżę o pięciu kondygnacjach. W tym kształcie kościół przetrwał aż do pierwszej połowy XIX stulecia, kiedy to Senat Wolnego Miasta Krakowa kupił budowlę i w 1835 r. przystąpił do jej rozbiórki. Około roku 1820 nabożeństwa parafialne ze względu na bezpieczeństwo wiernych przeniesiono do Franciszkanów, a w roku 1832 do pojezuickiego kościoła śś. Piotra i Pawła.
Wybudowany w latach 1597 - 1635 kościół śś. Piotra i Pawła, z fundacji króla Zygmunta III Wazy, związany jest z dziejami Towarzystwa Jezusowego w Polsce.
Sprowadzeni do Polski przez kardynała Stanisława Hozjusza jezuici przybyli do Krakowa w 1579 r. Dzięki pomocy nadwornego kaznodziei Zygmunta III Wazy, jezuity Piotra Skargi, zakon uzyskał poparcie króla dla pomysłu wzniesienia nowego kościoła i kolegium. Nie jest pewne, kto był projektantem budowli - mógł to być architekt jezuicki Jan de Rosis, naczelny architekt zakonu w Rzymie. Na pewno jednak w ciągu prawi 40 lat powstawania świątyni jej budowniczymi byli włoscy architekci: Józef Brizio (Britius), Jan Maria Bernardoni i architekt królewski Jan Trevano.

Konsekrowany 8 lipca 1635 r. kościół nawiązuje bryłą, układem przestrzennym i kształtem do głównej świątyni jezuitów w Rzymie - kościoła Pana Jezusa (Il Gesu). Jego kopuła zaś wzorowana jest na kopule bazyliki św. Piotra w Watykanie. Do 1773 r. pierwsza barokowa budowla Krakowa była pod opieką jezuitów, kiedy to przeprowadzono kasatę zakonu na ziemiach Rzeczypospolitej. Potem przechodziła różne koleje losu: była w gestii Komisji Edukacji Narodowej (1773 - 1786), w 1786 r. przejęli opiekę nad nią ojcowie cystersi z Mogiły, w latach 1796 - 1809 była kościołem garnizonowym wojska austriackiego, a sporadycznie pełniła funkcję cerkwi (1809 - 1915). Wreszcie w 1824 r. przeniesiono tu parafię Wszystkich Świętych, a po odzyskaniu niepodległości - świątynia pełniła rolę zarówno kościoła parafialnego, jak i garnizonowego.
(oprac. ks. Marian Jakubiec)

Warto dodać, że w podziemiach kościoła znajduje się krypta, w której spoczywa Witold Szeliga hrabia Bieliński, znajduje się sarkofag z pomnikiem nagrobnym biskupa Andrzeja Trzebickiego oraz sarkofag wybitnego pisarza Sławomira Mrożka. Te obiekty są zaczątkiem powstającego w świątyni od 2010 roku staraniem Fundacji powołanej przez wszystkie publiczne uczelnie Krakowa, Polską Akademię Umiejętności oraz Archidiecezję Krakowską Panteonu Narodowego. Obok nich wnętrze kościoła kryje późnobarokowy nagrobek rodziny Branickich, pomnik Piotra Skargi , nagrobek rodziny Rohozińskich i Michałowskich z posągiem Ecce Homo Marcelego Guyskiego, figurę Maurycego Poniatowskiego, brązowy posąg powstańca Maurycego Drużbackiego - Antoniego Madeyskiego (1912).